Formalizado o acordo de não persecução penal por escrito, ele será firmado pelo juiz, pelo membro do Ministério Público, pelo investigado e por seu defensor. 

O descumprimento do acordo de não persecução penal pelo investigado também poderá ser utilizado pelo Ministério Público como justificativa para inviabilizar a suspensão condicional da pena.

Homologado judicialmente o acordo de não persecução penal, o juiz devolverá os autos ao Ministério Público para que inicie sua execução perante o juízo competente para conhecer a ação penal, em caso de seu descumprimento.

Para a homologação do acordo de não persecução penal, será realizada audiência na qual o juiz deverá verificar a sua voluntariedade, por meio da oitiva do investigado na presença do seu defensor, dela não sendo obrigatoriamente intimado o Ministério Público; ademais, o juiz também deverá verificar a legalidade do acordo. 

Cumprido integralmente o acordo de não persecução penal, o juízo competente decretará a extinção de punibilidade e determinará o arquivamento da investigação criminal.