A recusa, pelo investigado e por seu defensor, de proposta de ANPP formulada na fase pré-processual não implica preclusão consumativa. Nada impede, portanto, que, depois de recebida a denúncia, o acusado manifeste a aceitação da proposta, estando o membro do Ministério Público vinculado aos termos da oferta formulada antes da deflagração da ação penal.

O membro do Ministério Público poderá requerer ao juiz a suspensão da investigação por tempo razoável, com o objetivo de realizar tratativas para a formulação de proposta de ANPP. Caso o juiz verifique, desde logo, a impossibilidade de aplicação da medida, devolverá os autos ao Ministério Público para que este conclua a investigação ou ofereça a denúncia.

O acordo de não persecução penal é incompatível com crimes hediondos ou equiparados. Logo, não caberá o ajuste em favor de sujeito investigado por tráfico de drogas, mesmo que, na sentença, seja aplicada a causa de diminuição prevista no artigo 33, § 4o, da Lei no 11.343/06 (tráfico privilegiado).

O ANPP é vedado para crimes praticados no âmbito de violência doméstica ou familiar. Assim, o investigado por importunação sexual (artigo 215-A do Código Penal), mesmo que a vítima seja mulher, poderá, em tese, ser beneficiado pela medida consensual, pois o delito não possui a violência como elementar e a pena mínima cominada é de um ano de reclusão. 

O Ministério Público não é obrigado a notificar o investigado em caso de recusa ao oferecimento de ANPP. Citado, o réu conhecerá razões pelas quais o Ministério Público deixou de propor a medida e, na resposta escrita, poderá requerer ao Juízo a remessa dos  autos ao órgão superior do Ministério Público para revisão. Caberá ao juiz avaliar se a recusa do Parquet em propor o ajuste foi motivada pela ausência de algum dos requisitos objetivos e, somente em caso negativo, encaminhar os autos ao órgão superior do Ministério Público.