O descumprimento do acordo de não persecução penal pelo investigado também poderá ser usado pelo Ministério Público como justificativa para o eventual não oferecimento de suspensão condicional do processo.

Não se aplica o acordo de não persecução penal nos crimes praticados no âmbito de violência doméstica e familiar ou praticados contra a mulher por razões da condição do sexo feminino, em favor do agressor.

O acordo de não persecução penal não constitui direito subjetivo do investigado, podendo ser proposto pelo Ministério Público conforme as peculiaridades do caso concreto e quando considerado necessário e suficiente para a reprovação e prevenção da infração penal. 

A confissão qualificada que tenha por objeto excludente de ilicitude não impede o acordo de não persecução penal.

No caso de recusa, por parte do Ministério Público, em propor o acordo de não persecução penal, o investigado poderá requerer a remessa dos autos a órgão superior, na forma do art. 28 do Código de Processo Penal.