A jurisdição do Tribunal Penal Internacional, de acordo com o Estatuto de Roma, só pode ser exercida quando o crime sujeito à jurisdição do Tribunal for cometido no território de um Estado parte, ou por um nacional de um Estado parte ou ainda por meio de declaração específica de Estado não contratante.

O Tribunal Penal Internacional é um tribunal independente da Organização das Nações Unidas (ONU), mas, devido a seus objetivos, possui uma relação especial com a ONU, que consiste, por exemplo, no envio de relatórios anuais à Assembleia Geral e na obediência a determinadas ordens do Conselho de Direitos Humanos.

O dever de colaboração do Estado parte com o Tribunal Penal Internacional não é absoluto, podendo o Estado Parte não entregar estrangeiro ao Tribunal, caso o Estado Parte tenha firmado acordos de imunidade com Estado terceiro.

De acordo com o Estatuto de Roma, a alegação de cumprimento de ordem superior exclui a responsabilidade criminal, caso seja comprovado que o indivíduo não sabia ser a ordem manifestamente ilegal, mesmo em caso de genocídio ou crimes contra a humanidade.