A equipe de APPCC deve elaborar um fluxograma abrangendo todas as fases da operação e compará-lo com as técnicas de processamento do produto, realizando as correções, se necessário. 

O sistema deve incluir registros, uma análise crítica dos registros, ação corretiva e procedimentos apropriados para tratar possíveis desvios. Planos de amostras, métodos de testes e critérios de decisões devem ser estabelecidos para cada Ponto Crítico de Controle (PCC). 

Os critérios mais utilizados neste sistema são temperatura, tempo, umidade, pH e também aqueles que possam oferecer resultados em curto tempo. As especificidades para cada PCC devem ser baseadas em critérios quantitativos como tempo, temperatura, pH, umidade, atividade de água, concentração de sal, viscosidade, como também informações sensoriais como textura, aroma e aparência.

Quando os manipuladores de alimentos não possuem qualificação e treinamento profissionais, pode ser difícil treiná-los em APPCC. O ideal é que, inicialmente, os colaboradores recebam treinamento sobre as boas práticas de higiene (pessoal, na manipulação dos alimentos, de equipamentos/utensílios e ambiental). A partir do treinamento sobre as boas práticas de fabricação, deve-se, portanto, incorporar o conceito APPCC. 

Uma análise deve ser conduzida para assegurar que o sistema esteja funcionando de maneira eficaz. Esta análise deve incluir reuniões com o pessoal da linha de trabalho, com a frequência quinzenal, para que cada um entenda seu papel dentro do sistema, a fim de garantir que os PCCs e os sistemas de monitoramento estejam apropriados e atualizados, com ênfase na documentação das ações corretivas e no manuseio de possíveis desvios.