O TCU tem competência constitucional para sustar diretamente a execução de contratos administrativos e de atos administrativos do Poder Executivo que apresentem indícios insanáveis de ilegalidade.

O Poder Judiciário pode anular decisões do TCU quando identificar ilegalidade ou ilegitimidade, mas não pode adentrar no mérito técnico das avaliações de eficiência realizadas pela corte de contas, sob pena de violação ao princípio da separação dos Poderes.

Ao tomarem conhecimento de irregularidade ou ilegalidade, os responsáveis pelo controle interno deverão informá-la ao TCU, sob pena de responsabilidade solidária e crime de prevaricação. 

As decisões do TCU de que resulte imputação de débito ou multa possuem eficácia de título executivo judicial, prescindindo de ação de execução perante o Poder Judiciário. 

O controle externo, a cargo do Congresso Nacional, será exercido com o auxílio do TCU, ao qual compete julgar anualmente as contas prestadas pelo presidente da República.