No caso de irregularidades, à entidade governamental em regime de proteção pode ser imposta a medida de afastamento definitivo de seus dirigentes, cabendo ao juiz nomear quem substitua o afastado. 

O Conselho Municipal da Criança e do Adolescente somente poderá negar o registro de entidade não governamental em regime de proteção se esta tiver em seus quadros pessoas inidôneas. 

O procedimento de apuração de irregularidades em entidade governamental em regime de proteção terá início por portaria da autoridade judiciária ou representação do Ministério Público, vedada igual iniciativa ao Conselho Tutelar, e a não apresentação de defesa importa presunção de veracidade dos fatos constantes da peça inicial. 

As entidades não governamentais em regime de proteção somente poderão funcionar depois de registradas no Conselho Municipal da Criança e do Adolescente.