O tratamento constitucional diferenciado dado às matérias que envolvem saneamento básico e saúde reflete a opção pela promoção de estruturas organizacionais autônomas na condução das diretivas setoriais; assim, o Sistema Único de Saúde (SUS) foi concebido em forma de rede regionalizada e hierarquizada, sem ingerência na formulação da política e da execução das ações de saneamento básico.

A participação dos Municípios e dos Estados deve ser ajustada com o fim de promover programas de saneamento básico específicos, em conformidade com as diretrizes normativas gerais fixadas pela União e com as leis complementares criadas pelos Estados para instituir regiões metropolitanas. 

A realidade brasileira histórica de desatendimento às essencialidades sanitárias decorrentes dos problemas de cooperação interfederativa e da falta de sustentabilidade econômico-financeira dos modelos adotados estabeleceu a diretriz jurisprudencial de que compete à União legislar e promover programas de saneamento básico, a serem executados de forma exclusiva pela Agência Nacional de Águas e Saneamento Básico (ANA).

A regra geral fixada é a da competência concorrente entre os entes da federação para legislar sobre o saneamento básico, saúde, combate à poluição, proteção ao meio ambiente, águas e energia, temas interligados, que visam proteger os direitos fundamentais envolvidos.

O arranjo institucional baseado no perfil de dados dos entes federados, e não em sua localização territorial, faz com que o serviço de saneamento possa se beneficiar de mecanismos automatizados de tomada de decisão em grande escala, razão pela qual compete à União legislar e promover programas específicos de saneamento básico, com foco nas regiões metropolitanas.