Uma vez instaurada a Tomada de Contas Especial pela autoridade administrativa, o Tribunal de Contas fica impedido de realizar fiscalizações concomitantes sobre o mesmo objeto, para evitar a duplicidade de sanções e o bis in idem processual.

Diante da omissão no dever de prestar contas ou da ocorrência de desfalque, a autoridade administrativa competente deve, antes da instauração da Tomada de Contas Especial, esgotar as medidas administrativas internas com vistas à regularização das contas ou ao ressarcimento do dano, desde que não se tenha operado a prescrição.

O Tribunal de Contas poderá determinar a instauração de Tomada de Contas Especial apenas após a manifestação conclusiva do órgão de controle interno estadual ou municipal, sob pena de nulidade por supressão de instância administrativa.

Se, no curso da Tomada de Contas Especial, for verificada a ocorrência de dano ao erário decorrente exclusivamente de ato de gestão antieconômico, sem comprovação de má-fé, o processo deverá ser imediatamente arquivado, convertendo-se a apuração em auditoria operacional.

A responsabilidade solidária em sede de Tomada de Contas Especial restringe-se aos agentes públicos (políticos ou administrativos), não alcançando terceiros ou pessoas jurídicas que tenham concorrido para o dano, dada a natureza personalíssima da sanção pecuniária.