Tendo em vista o princípio da especialidade aplicável à Justiça Militar, as previsões constitucionais atinentes ao direito processual penal não são aplicáveis quando da aplicação prática do direito processual penal militar.

o Código de Processo Penal Militar rege o processo penal militar em tempo de paz, o que não ocorre em tempo de guerra, caso em que deve ser aplicada legislação específica.

a pena de impedimento, aplicável à maioria dos crimes propriamente militares, sujeita o condenado a permanecer no quartel, sem prejuízo da instrução militar.

o oficial que instiga seus inferiores a cometer o delito, sem dar ordem direta ou organizar a ação criminosa, terá sua pena atenuada se o crime for consumado, pois é uma hipótese de participação de somenos importância.

a pena de inabilitação para o exercício de função pública pode ser aplicada pelo prazo de 2 a 20 anos, em virtude de crime militar praticado com abuso de poder ou violação do dever militar, mas está condicionada a estar expressamente imposta na sentença.