Dentre outras atividades, a Companhia Águas de Joinville destina-se a desenvolver isoladamente, ou em parceria com autarquias estaduais, empreendimentos relacionados aos serviços de saneamento básico.

É garantida a participação, no Conselho de Administração, de representante dos empregados, dentre aqueles que preenchem os pré-requisitos para assumir o cargo, indicados pelo presidente do Conselho.

A Diretoria da Companhia é um órgão de deliberação colegiada, composto por 7 membros eleitos e destituíveis pela Assembleia Geral, dentre os quais um será o seu presidente e outro, vice-presidente, para gestão não superior a 2 anos, sendo permitidas, no máximo, 2 reconduções consecutivas. 

Os Conselheiros de Administração e a Diretoria, juntamente com os membros do Conselho Fiscal, são responsáveis, na forma da lei, pelos danos causados no exercício de suas funções.

A alienação ou transferência do controle acionário da Companhia dependerá de prévia autorização do Poder Executivo do Município.