Na cooperação jurídica internacional por auxílio direto, não se cumpre uma decisão estrangeira – endossada pelo exequatur do Superior Tribunal de Justiça, como acontece nas cartas rogatórias. Na cooperação jurídica internacional por auxílio direto, produz-se uma decisão judicial brasileira que deve ser proferida nas mesmas circunstâncias exigidas em um procedimento criminal nacional. Assim, na cooperação jurídica internacional por auxílio direto há um pedido estrangeiro e uma decisão brasileira, enquanto, nas cartas rogatórias, há uma decisão estrangeira e um endosso brasileiro, realizado por juízo de delibação.  

Nas transferências internacionais de execução da pena e de pessoa condenada, a execução penal será da Justiça Federal, que, por sua vez, deverá declinar da competência ao juízo das execuções penais do Estado caso o condenado venha a ser recolhido em estabelecimento sujeito à administração estadual. 

Consoante entendimento atual do Superior Tribunal de Justiça, não há possibilidade de expedição de guia de execução provisória em casos de prisão preventiva. 

Conforme a jurisprudência atual do Superior Tribunal de Justiça, tanto na inclusão quanto na prorrogação do período de permanência de preso proveniente da Justiça Estadual em estabelecimento penitenciário federal, ao juízo estadual incumbe justificar a medida à luz do interesse da segurança pública ou do interesse do próprio preso. É vedado ao juízo federal reanalisar o mérito da transferência ou o mérito da prorrogação do período de permanência, cabendo-lhe tão somente examinar a regularidade formal da solicitação.

É relativa a competência dos Juizados Especiais Federais Criminais, admitindo-se o deslocamento da competência, por regras de conexão ou de continência, para o Juízo Federal Comum, no concurso de infrações penais de menor potencial ofensivo e comum. De todo modo, perante o Juízo Federal Comum, será possível a concessão de transação penal e de suspensão condicional do processo, quando cabíveis.