Durante a preparação dos alimentos devem ser adotadas medidas a fim de minimizar o risco de contaminação cruzada. O contato direto ou indireto entre alimentos crus e semi-preparados deve ser evitado, mas após prontos não há mais risco grande de contaminação cruzada.

Quando as matérias-primas e os ingredientes não forem utilizados em sua totalidade, devem ser adequadamente acondicionados e identificados com, no mínimo, as seguintes informações: designação do produto, data de fracionamento e prazo de validade após a abertura ou retirada da embalagem original. 

Após serem submetidos à cocção, os alimentos preparados devem ser mantidos em condições de tempo e de temperatura que não favoreçam a multiplicação microbiana. Para conservação a frio, os alimentos devem ser submetidos à temperatura inferior a 60ºC (sessenta graus Celsius) por, no máximo, 24 (vinte e quatro) horas. Para conservação sob alta temperatura, os alimentos devem ser mantidos à temperatura de 160ºC (cento e sessenta graus Celsius) por, no máximo, 10 (dez) horas.

Os óleos e gorduras utilizados devem ser aquecidos a temperaturas não superiores a 100ºC (cem graus Celsius), sendo substituídos quando houver a alteração apenas do aroma, não será necessário o descarte já que não interferirá na qualidade do produto final.

Antes de iniciar a preparação dos alimentos, deve-se proceder à adequada limpeza das embalagens primárias das matérias-primas e dos ingredientes apenas quando o alimento não for usado integralmente e não precisar ser armazenado novamente nesta embalagem original.