O HACCP se aplica somente a perigos microbiológicos, não abrangendo perigos de natureza química (como resíduos de pesticidas) ou física (fragmentos metálicos, por exemplo).

Trata-se de um sistema reativo, focado em inspecionar e testar o produto acabado para eliminar lotes impróprios, em vez de prevenir contaminações durante a fabricação. 

Uma vez implementado o HACCPem uma fábrica, não é necessária a adoção de outros programas de pré-requisitos (como BPF, controle de pragas, limpeza etc.), pois o HACCPpor si só cobre todos os aspectos de qualidade.

No plano HACCP, não é obrigatório definir ações corretivas para quando um ponto de controle crítico sair dos limites estabelecidos – basta monitorar e, se ocorrer desvio, descartar o produto.

É um sistema preventivo, estruturado de forma sistemática e científica, que identifica os perigos potenciais à segurança dos alimentos em um processo produtivo e estabelece medidas de controle nos pontos críticos, seguindo sete princípios básicos definidos internacionalmente (Codex Alimentarius).