Essas comissões têm por finalidade propor prioridades, métodos e estratégias para a formação e educação continuada dos recursos humanos do SUS, na esfera correspondente, assim como em relação à pesquisa e à cooperação técnica entre essas instituições.

O Conselho Nacional de Secretários de Saúde (CONASEMS) é uma entidade representativa de todas as secretarias municipais do Brasil. 

O Conselho de Secretarias Municipais de Saúde (CONASS) é uma entidade que representa todos os secretários estaduais de saúde do Brasil.

As Comissões Intergestores Bipartite e Tripartite não pertencem às comissões permanentes de integração por se tratarem de âmbito nacional.

O Conselho Nacional de Secretarias Estaduais (CONASES) pertencem às comissões que tratam dos assuntos de regionalização e hierarquização assistencial.