Tendo em vista o princípio da especialidade aplicável à Justiça Militar, as previsões constitucionais atinentes ao direito processual penal não são aplicáveis quando da aplicação prática do direito processual penal militar.

O Código de Processo Penal Militar rege o processo penal militar em tempo de paz, o que não ocorre em tempo de guerra, caso em que deve ser aplicada legislação específica.

O Código de Processo Penal Militar estabelece a prevalência do Direito Internacional Público, tal como tratados e convenções. 

O Código de Processo Penal Militar aplica-se à Justiça Militar Estadual na execução de sentenças.

A analogia não é admitida no Direito Processual Penal Militar, visto que prevalece a interpretação literal da norma.