A pena deve ser aplicada em três etapas: no primeiro momento, é fixada a pena base com observância das circunstâncias judiciais; na segunda fase, observa-se as agravantes e as atenuantes; na terceira fase, o juiz observa as qualificadoras, causas de aumento e de diminuição de pena previstas na parte especial e geral do CP.

Nos crimes da lei de tóxicos, a quantidade e qualidade do entorpecente devem ser consideradas na primeira fase.

O regime de pena deve ser fixado com observância dos artigos 33 e 59 do Código Penal, não autorizando regime mais grave do que o permitido pela pena aplicada a opinião do julgador acerca da gravidade do delito.

Segundo jurisprudência majoritária dos tribunais superiores, a pena intermediária não pode ficar abaixo do mínimo cominado no tipo respectivo.

Ainda que o tráfico seja considerado crime assemelhado aos hediondos, aplicado o redutor do § 4º do Artigo 33 da Lei n. 11.343/06, em tese, é possível a substituição da pena privativa de liberdade por penas restritivas de direitos.