A higienização da mandioca inclui o banho de hipoclorito a 150 ppm por 30 minutos, seguido de remoção do hipoclorito com água limpa.

A mandioca deve ser descascada antes da cocção. Esta etapa pode ser dispensada para os tubérculos que podem ser cozidos com casca.

Os tubérculos devem ser lavados em água corrente antes de serem armazenados sob refrigeração, de modo a inativar as enzimas amilases presentes na casca e terem maior durabilidade.

Em larga escala, os tubérculos devem ser lavados com o uso de escovação em bacia de água, seguido de lavagem em água corrente.

Os tubérculos requerem cuidado especial no que se refere à higienização, dada a superfície irregular e com elevada quantidade de sujidades. Portanto, devem ser colocados de molho em água em temperatura ambiente (20°C) com bicarbonato de sódio a 200 ppm, por 30 minutos.