Apesar do inquérito civil possuir natureza inquisitiva, é possível permitir, em havendo interesse recíproco, que a produção de provas em seu âmbito se faça em contraditório. 

A produção adequada da prova durante o inquérito civil pode servir para fomentar um acordo ou evitar futura ação judicial, na medida em que, se ambas as partes concordam com a produção da prova, suas conclusões favoráveis ao Ministério Público possivelmente permitirão que se avance para uma solução consensual, e, da mesma forma, se a prova indicar a insubsistência do que está sendo investigado, é provável que o inquérito seja arquivado, poupando o investigado de consideráveis despesas processuais.

Ainda que o inquérito civil funcione como discovery, há limitações expressas para a participação do investigado no procedimento extrajudicial, em especial na produção probatória, tais como: participar da escolha de perito, formular quesitos, acompanhar os trabalhos e debater as conclusões técnicas.

Não há razão alguma, lógica ou jurídica, para se diminuir o valor das provas produzidas durante o tramitar do inquérito civil, apenas porque elas não foram, desde um primeiro momento, produzidas nos autos do processo, podendo ser suficientes para convencer o juiz sobre os fatos alegados em eventual ação civil pública.

No inquérito civil, é possível perceber o uso do procedimento de produção antecipada de provas como ferramenta para a instrução de questões estruturais.