O diploma obtido no Proeja possui validade nacional para habilitação profissional, sendo o reconhecimento da conclusão do Ensino Médio condicionado ao cumprimento de requisitos adicionais definidos pelas instituições ofertantes.

A certificação no Proeja decorre da integralização do percurso formativo previsto no curso, admitindo-se a avaliação de aproveitamento ao longo do processo, desde que não implique certificação antecipada da conclusão do Ensino Médio. 

O aluno pode obter diploma com validade nacional, que atesta tanto a habilitação profissional quanto a conclusão do Ensino Médio, possibilitando o acesso ao Ensino Superior.

A certificação no Proeja é de responsabilidade das instituições ofertantes, podendo ser articulada a diretrizes nacionais que orientem critérios comuns para validação da formação e expedição de diplomas.