O Código Florestal, por possuir natureza de norma geral federal, afasta por completo a aplicação de tratados internacionais sobre proteção de zonas úmidas que prevejam restrições maiores, em observância ao princípio da soberania nacional.

As resoluções do CONAMA, como fontes infralegais, possuem primazia sobre o Código Florestal em áreas urbanas, de modo que critérios técnicos fixados pelo Conselho Federal podem se sobrepor às metragens de áreas de preservação permanente estipuladas na lei federal.

Conforme a redação atual do Código Florestal, os Municípios possuem competência para estabelecer margens de proteção de cursos d’água em áreas urbanas consolidadas distintas das previstas na lei federal, desde que ouvidos os conselhos estaduais e municipais de meio ambiente e observadas as diretrizes dos planos de bacia.

O Princípio do In Dubio Pro Natura, como fonte informativa do direito, autoriza o proprietário rural a reduzir a Reserva Legal abaixo dos percentuais mínimos estabelecidos pelo Código Florestal, desde que comprove a alta produtividade agrícola da área remanescente.

É permitida, de forma plena e sem necessidade de autorização prévia, a prática de queima controlada em áreas de vegetação nativa, inclusive para fins agropastoris, uma vez que o Código Florestal reconhece o fogo como instrumento de manejo essencial à produção nacional.