Os Conselhos de Saúde deverão ser compostos representantes de vários segmentos, incluindo, do governo, prestadores de serviço, usuários e profissionais de saúde, os quais atuarão como órgão executor e fiscalizador das políticas de saúde. 

Para composição, tanto dos Conselhos de Saúde, quanto das Conferências de Saúde, a representação dos usuários deve ser paritária a todos os outros componentes.

Tanto as Conferências de Saúde, quanto os Conselhos de Saúde, possuem autonomia para aprovação de suas normas de funcionamento e regimento próprio, desde que aprovadas pelos membros do respectivo conselho.

Somente terá representação no Conselho Nacional de Saúde, o CONASS (Conselho Nacional de Secretários de Saúde), sendo que o CONASEMS (Conselho Nacional de Secretários Municipais de Saúde) apenas terão representação no Conselho Municipal de Saúde.