O Sinapir constitui órgão integrante da estrutura administrativa direta da União, dotado de personalidade jurídica própria, ao qual se subordinam os entes federativos. 

A integração dos Estados, do Distrito Federal e dos Municípios ao Sinapir é compulsória, por se tratar de política pública de observância obrigatória decorrente da competência comum prevista na Constituição Federal.

O Sinapir destina-se exclusivamente à formulação normativa de diretrizes gerais, sendo vedada a prestação direta de serviços ou a execução de políticas públicas pelo Poder Executivo federal.

A participação dos entes subnacionais depende de convênio administrativo específico, condicionado à autorização legislativa federal, inexistindo previsão de adesão voluntária. 

O Sinapir configura mecanismo de organização e articulação destinado à implementação de políticas e serviços voltados à superação das desigualdades étnicas, podendo Estados, Distrito Federal e Municípios integrar o sistema mediante adesão, independentemente de lei própria.