Para garantir a uniformidade e a eficiência na aplicação dos recursos hídricos em âmbito nacional, a gestão é centralizada na Agência Nacional de Águas (ANA), que tem por finalidade executar diretamente todos os instrumentos da PNRH.

A PNRH estabelece como prioridade para o uso dos recursos hídricos, em qualquer situação, a geração de energia elétrica, em razão de sua relevância estratégica para a economia nacional. 

Os Planos de Recursos Hídricos são elaborados para definir as metas de qualidade e quantidade de água, devendo, obrigatoriamente, incluir em seu conteúdo mínimo o cronograma de execução e a programação orçamentário-financeira dos projetos a serem implantados.

A cobrança pelo uso dos recursos hídricos é um instrumento econômico que tem, dentre suas finalidades, atuar como incentivo para o uso racional da água e de financiar, prioritariamente, programas e intervenções nas próprias bacias hidrográficas em que foram gerados.

O enquadramento dos corpos de água em classes, segundo os usos econômicos da água, tem como objetivo principal garantir um padrão uniforme de qualidade para todas as bacias do país, sendo as classes definidas em Resolução da Agência Nacional de Águas (ANA).