São órgãos da Administração Superior do Ministério Público: Procuradoria-Geral de Justiça; Colégio de Procuradores de Justiça; Conselho Superior do Ministério Público; Corregedoria-Geral do Ministério Público; e Ouvidoria. 

Não se admite voto postal e voto por procuração nas eleições para a formação da lista tríplice para a indicação ao cargo de Procurador-Geral de Justiça.

A autonomia financeira do Ministério Público impõe que a fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial seja realizada apenas pelo sistema de controle interno, efetivado pelas superintendências administrativa, de finanças, de planejamento e coordenação.

Compete exclusivamente ao Colégio de Procuradores de Justiça opinar, por solicitação do Procurador-Geral de Justiça ou de um terço de seus integrantes, sobre matéria relativa à autonomia do Ministério Público, bem como sobre outras de interesse institucional.