Enquanto o princípio da unidade do Ministério Público é de caráter administrativo, a partir da ideia força de que o Ministério Público tem um só chefe, a indivisibilidade diz com a atuação do Ministério público em juízo. 

A independência funcional não prevalece para resolver questões em que se verificam manifestações diferentes de membros do Ministério Público atuando no mesmo grau de jurisdição.

O Conselho Nacional do Ministério Público não ostenta competência para efetuar controle de constitucionalidade de lei, por tratar-se de órgão de natureza administrativa, cuja atribuição adstringe-se ao controle da legitimidade dos atos administrativos praticados por membros ou órgãos do Ministério Público e estadual. 

Sempre que for impedido ou dificultado a todos livre e amplo acesso às praias do litoral paulista, o Ministério Público tomará imediata providência para a garantia desse direito.

Afronta o princípio institucional da independência funcional a ocupação de cargos políticos no âmbito do Poder Executivo por parte de membros do Ministério Público, porque submete seu membro, a instituição em si por ele presentada, à subordinação e sujeição do Chefe do Poder Executivo.