Por possuírem patrimônio destinado a uma finalidade específica, as fundações públicas não se submetem a qualquer forma de controle por parte do ente instituidor, atuando de modo independente.

A criação de autarquias depende de lei específica, ao passo que as fundações públicas, por serem entidades da administração indireta, sempre têm sua criação diretamente efetivada por lei, sendo vedada a hipótese de mera autorização legislativa com posterior instituição por ato administrativo.

As autarquias gozam de autonomia administrativa e financeira, mas permanecem vinculadas ao ente instituidor, sujeitando-se a controle finalístico quanto à legalidade e ao cumprimento de suas finalidades institucionais.

As autarquias integram a administração direta da União, uma vez que exercem atividades típicas de Estado e se submetem integralmente ao regime jurídico de direito público. 

As fundações públicas distinguem-se das autarquias por possuírem personalidade jurídica de direito privado, independentemente do modo como foram instituídas ou do regime jurídico a que se submetem.