A Hierarquização refere-se apenas à centralização de recursos no nível federal, excetuando os municípios; a Regionalização limita-se a ações isoladas em capitais estaduais, sem integração com níveis de complexidade.

A Hierarquização prioriza apenas a atenção primária, sem necessidade de níveis secundário ou terciário; a Regionalização é opcional e aplicada apenas em áreas rurais, com pactuações formais.  

A Hierarquização envolve a privatização de serviços de alta complexidade; a Regionalização foca em competições entre regiões por financiamento, sem coordenação nacional.

A Hierarquização é sinônimo de descentralização total para municípios; a Regionalização restringe-se a vigilância epidemiológica, sem relação com a organização de redes de atenção.

A Hierarquização organiza os serviços em níveis crescentes de complexidade, com referência e contrarreferência; a Regionalização divide o território em regiões de saúde, com pactuações entre municípios, estados e União para planejamento integrado, evitando duplicidades e a articulação em redes como a Rede de Atenção à Saúde (RAS).