As questões prejudiciais possuem natureza estritamente processual, incidindo sobre a regularidade formal do processo, de modo a influenciar na natureza da sentença criminal, pois, se reconhecidas, profere-se sentença absolutória. 

As questões prejudiciais extrapenais devolutivas relativas podem suspender o trâmite do processo penal a qualquer tempo e por prazo indeterminado, até que seja resolvida, cabendo recurso contra a decisão que denegar a suspensão do feito. 

As questões prejudiciais penais não devolutivas determinam que o juiz criminal sentenciante remeta a questão a outro juízo, uma vez que esta não poderá ser resolvida enquanto o outro julgador não decidir a questão prejudicial.

A existência de controle de constitucionalidade difuso e de repercussão geral no âmbito do STF, que venha a incidir na tipificação penal de um fato, sendo questão incidente, não tem o condão de suspender o inquérito policial em que se apura o delito.