À Diretoria de Execução Criminal, subordinada diretamente à Diretoria Geral Penitenciária, compete planejar, coordenar, desenvolver, promover, supervisionar, monitorar e avaliar todas as atividades relacionadas à inclusão, classificação, custódia, remoção de pessoa presa ou internada nas unidades prisionais e à estratificação de dados da população carcerária, com observância da legislação vigente e dos princípios e valores referentes à dignidade da pessoa humana.

À Diretoria de Administração de Recursos, subordinada diretamente à Diretoria Geral Penitenciária, compete planejar, elaborar, controlar, supervisionar e promover as licitações em geral, bem como a gestão dos contratos, convênios, termos de parceria, termos de cooperação e outros instrumentos congêneres.

À Diretoria de Administração de Recursos, subordinada diretamente à Diretoria Geral Penitenciária, compete planejar, desenvolver, implementar, coordenar, acompanhar, executar, supervisionar, promover e avaliar as atividades de gestão de pessoas, assistência e valorização do servidor da Autarquia.

À Diretoria de Reinserção Social, subordinada diretamente à Diretoria Geral Penitenciária, compete planejar, coordenar, supervisionar, executar, monitorar, promover, fomentar e avaliar as atividades de assistência ao egresso e família, dar educação prisional e laboral à pessoa presa e internada do Sistema Penitenciário.

À Diretoria de Administração Penitenciária, subordinada diretamente à Diretoria Geral Penitenciária, compete planejar, elaborar, supervisionar, analisar, executar, monitorar, acompanhar e avaliar as atividades voltadas para a gestão dos recursos materiais e patrimoniais, transporte, serviços gerais, documentação, arquivo, protocolo, engenharia e arquitetura, bem como a manutenção das instalações físicas da Autarquia, incluindo as unidades desconcentradas.