A referida lei concede à UEPB autonomia didático-científica, administrativa, de gestão financeira e patrimonial, o que possibilita à universidade deliberar sobre a criação e estruturação de cursos e programas de pesquisa, bem como gerenciar seus recursos e patrimônio de forma autossuficiente.

A UEPB, mesmo com a promulgação da Lei nº 7.643/2004, permanece sujeita a regulamentações estatais rigorosas que restringem sua atuação às diretrizes determinadas pelo governo estadual, limitando sua capacidade de elaborar currículos e planejar suas atividades de pesquisa. 

A Lei nº 7.643/2004 conferiu à UEPB independência financeira completa, permitindo à universidade administrar seus recursos de forma autônoma e sem qualquer obrigação de prestar contas ao governo estadual, o que resultou em uma separação completa das finanças universitárias das finanças públicas. 

A autonomia garantida pela lei é, essencialmente, restrita à esfera acadêmica, permitindo à UEPB determinar seus próprios currículos e programas de pesquisa, enquanto a gestão administrativa e financeira continua a ser supervisionada e controlada diretamente pelo governo estadual.

A UEPB ganhou o direito de reter todos os resultados de pesquisa gerados internamente, sem qualquer obrigação de divulgar suas descobertas à comunidade científica ou ao público em geral, de acordo com as disposições da Lei nº 7.643/2004.