Para além de fatores externos, é no próprio espaço da escola que se constituem muitas manifestações de indisciplina ligadas ao sistema de organização escolar. 

Frequentemente as regras escolares são impostas aos alunos, mas são difíceis de entender, de modo que certas manifestações de indisciplina podem ser decorrentes do descontentamento ou da não compreensão do porquê de elas existirem; assim, a escola é a responsável não só pelo estabelecimento das normas, mas também por sua clareza.

O não entendimento das regras escolares podem levar os alunos a tomarem decisão indevidas em relação à escola e, por conseguinte, no segundo momento, a decisões indevidas da escola em relação aos alunos. 

À medida que cobra do aluno respeito, cumprimento das normas e bom desempenho, a escola está desenvolvendo conceitos de justiça, mesmo se o aluno se sente injustiçado e punido.

É importante que a escola adote a discussão de temas-problema com os diferentes grupos que compõem seu corpo social.