A defesa sanitária animal no território estadual é regida por regulamento federal 

A infecção, enfermidade e infestação de notificação obrigatória são revisadas anualmente, devendo haver publicação de ato administrativo em caso de atualização, com ampla divulgação 

Para compor a listagem de infecção, enfermidade e infestação de notificação obrigatória, o Instituto de Defesa Agropecuária do Estado de Mato Grosso - INDEA/MT deve analisar aquelas elencadas pela Organização Mundial de Saúde Animal - OIE e o Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento - MAPA

Compete aos cargos da carreira de servidores do INDEA/MT, aos contratados e aos cedidos, devidamente autorizados e sob a supervisão do médico veterinário oficial, emitir Guia de Trânsito Animal - GTA ou outro documento de trânsito que venha a substitui-la, salvo exceção prevista em lei e normas vigentes