O Sitai é formado apenas por um órgão central, a Controladoria-Geral da Unido, que executa diretamente todos os programas e planos de integridade em cada órgão da Administração Publica federal.  

O Sitai tem como órgão central a Controladoria-Geral da Unido e como unidades setoriais as assessorias especiais de controle interno, no caso da administração publica federal direta, que ficam sujeitas à orientação normativa e a supervisão técnica do órgão central.  

O sitai é composto por um órgão central, as ouvidorias federais, e por unidades setoriais, que são as corregedorias de cada entidade, responsáveis por aprovar o plano de integridade.  

As unidades setoriais do Sitai, como as assessorias especiais de controle interno, são administrativamente subordinadas ao órgão central (Controladoria-Geral da Unido), perdendo o vinculo com o órgão ou entidade em que atuam.

O Sitai é composto por programas de integridade, planos de integridade e funções de integridade, que operam de forma independente em cada órgão, sem a necessidade de uma coordenação central.