A gestão descentralizada pode ser praticada quando as EEx não tiverem estrutura necessária para realizar o adequado controle de estoque e armazenamento em depósitos centrais.

Na gestão centralizada, a EEx adquire os alimentos, que são fornecidos às unidades escolares para o preparo e distribuição da alimentação escolar, cuja entrega dos alimentos pelos fornecedores pode ser realizada diretamente às unidades escolares e pode haver depósitos centrais de intermediação do abastecimento.

Na gestão centralizada, o nutricionista responsável técnico vinculado à EEx é o responsável pelas compras, pela organização logística da entrega dos alimentos pelos fornecedores às unidades escolares e pelo controle do estoque do depósito central.

Na gestão descentralizada, as Unidades Executoras têm autonomia para realizar a aquisição dos alimentos para o preparo das refeições diretamente dos produtos da Agricultura Familiar. Essa modalidade pode ser adotada, exclusivamente, em municípios com características rurais, gerando desenvolvimento social e econômico para a região.

Na gestão centralizada, a EEx repassa recursos financeiros federais do PNAE para as Unidades escolares, as quais são as responsáveis pelo gerenciamento da alimentação escolar em sua unidade.