A putrefação dos alimentos de origem vegetal consiste, sobretudo em uma degradação de sua matéria protéica. Esta alteração é decorrente da ação de microrganismos, que utilizam os monossacarídeos livres e os oligopeptídeos como nutrientes para se multiplicarem rapidamente. 

Como degradação indesejada, pode-se citar a provocada por adição de microrganismos na maturação de queijos, os quais os aminoácidos liberados e seus produtos de degradação provocam juntamente com os produtos da lipólise, seu sabor típico 

Aquecimento moderado ou excessivo de certos alimentos pode provocar a reação de Maillard ou o chamado escurecimento não enzimático, que é uma reação entre proteína e carboidrato sob a ação do calor. 

O escurecimento enzimático é caracterizado pelo aparecimento de odor repugnante e de textura e sabor alterados.