Quando a ausência se verificar em subunidade isolada ou em destacamento, o respectivo comandante, oficial ou não, providenciará o inventário do desertor, devendo tal processo ser acompanhado de um familiar do desertor.

Por ser crime de perigo abstrato, a denúncia deverá indicar, de forma clara e concreta, o prejuízo causado pela conduta do agente.

Em termos procedimentais, a deserção especial independe da lavratura de Termo de Deserção. 

Uma vez que o desertor com estabilidade se apresente ao quartel, ele deverá ser submetido a inspeção de saúde e, quando julgado apto, será reincluído.

A deserção é crime de mera conduta porque se configura com a ausência sem licença pura e simples do militar, além do prazo estabelecido em lei.