Tema central da questão: A questão exige conhecimento sobre morfologia dos verbos, especificamente a distinção de tempos verbais no modo indicativo e suas funções semânticas, tópico frequente em concursos para Motorista.

Justificativa para a alternativa correta (A - morrera):
O tempo verbal destacado na frase "havia morrido" é o pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo. Por norma, ele expressa uma ação concluída antes de outra ação terminada no passado. Tanto a forma composta (“havia morrido”) quanto a simples (“morrera”) comunicam exatamente a mesma ideia:
• Quando cheguei, ele já havia morrido (ou: ele morrera).
Isso é reforçado por gramáticas de referência, como Bechara e Cunha & Cintra, que classificam ambas como equivalentes na norma-padrão. Logo, a substituição é possível sem prejuízo do sentido original.

Análise das alternativas incorretas:

B) morreu – (pretérito perfeito): indica apenas uma ação concluída no passado, mas não deixa claro que ela ocorreu antes de outra passada. Quebra a relação temporal do texto.

C) morria – (pretérito imperfeito): indica duração, hábito ou continuidade no passado, não expressa ideia de conclusão anterior a outro fato passado.

D) morreria – (futuro do pretérito): indica hipótese, condição ou ação futura em relação a outro passado. Não se encaixa na ideia original.

E) morrerá – (futuro do presente): indica ação que ainda irá acontecer; o texto deseja expressar algo anterior ao momento de referência passado.

Dica para provas:
Sempre que o enunciado trouxer tempo composto como "havia/teria/fora + particípio" em contexto passado, pense no pretérito mais-que-perfeito simples (“-ra”): são equivalentes!
Pegadinha comum: trocarem a ordem temporal. Atenção ao sentido exato que cada tempo transmite!

Conclusão:
"morrera" (A) é a única alternativa plenamente correta, pois mantém a lógica do tempo e sentido do texto.

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por que não B?

Letra A esta correta pois possui o mmesmo tempo verbal

Havia morrido -> Pretérito mais-que-perfeito composto

Morrera -> Pretérito mais-que-perfeito simples

B) Morreu -> Pretérito perfeito simples

C) Morria -> Pretérito imperfeito

D) Morreria -> Futuro do pretérito simples

E) Morrerá -> Futuro do presente simples

Tempos Compostos

• Pretérito perfeito do indicativo:

Verbo auxiliar ter/haver: presente do indicativo

Verbo principal: particípio

Ex: Eu tenho estudado

• Pretérito mais-que-perfeito

Verbo auxiliar ter/haver: pretérito imperfeito do indicativo

Verbo principal: particípio

Ex: (Eu) tinha estudado

• Futuro do presente

Verbo auxiliar ter/haver: futuro do presente

Verbo principal: particípio

Ex: (Eu) terei estudado

• Futuro do pretérito

Verbo auxiliar ter: futuro do pretérito

Verbo principal: particípio

Ex: (Eu) teria estudado

A

A locução verbal "havia morrido" está no tempo pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo. A forma verbal "morrera" é sua equivalente no pretérito mais-que-perfeito simples. Ambas as formas são usadas para indicar uma ação que ocorreu no passado, antes de outra ação também já concluída, mantendo o mesmo sentido.

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Por que não a B:

"Morreu" é pretérito perfeito do indicativo:

Isso sugere uma ação que começou e terminou em determinado momento do passado.

Ex.: "Ontem, eu caminhei no parque por uma hora."

Eu falo de uma ação (caminhar) que iniciei e conclui no passado.

"Tinha morrido" é pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo:

Indica uma ação que ocorreu antes de outra ação passada.

Ex.: "Quando ele acordou, eu já tinha caminhado."

Eu caminhei (uma ação) antes dele acordar (outra ação). E as duas já aconteceram, estão no passado.

A questão quer que você escolha a expressão que substitui "tinha morrido" sem alterar o sentido:

O pretérito mais-que-perfeito composto do indicativo é equivalente ao pretérito mais-que-perfeito simples do indicativo:

ele morrera.

"Quando acordei, ele já morrera (tinha morrido)."

Gab.: A

Fontes: apostila de português para concursos PRF; site conjugacao.com.br