O tratado tem plena aplicação, independentemente da intensidade da violação; assim, distingue-se de outros mecanismos, ao não se restringir à ocorrência de graves e sistemáticas violações aos direitos humanos. 

A referência às instituições democráticas como instrumento de assegurar os direitos humanos é um dos pontos mais importantes do tratado, complementando outros instrumentos regionais, como o Protocolo de Ushuaia.

Esse tratado não se aplica em situações de crise institucional ou durante a vigência de estados de exceção previstos nos ordenamentos constitucionais, como, por exemplo, no Brasil, o Estado de Sítio. 

Entre as medidas previstas e cabíveis em caso de violação dos direitos humanos incluem-se a suspensão do direito a participar do processo de integração; a suspensão de outros direitos e obrigações; e a indenização pecuniária para as vítimas e seus familiares.

De acordo com esse protocolo, monitoramento dos direitos humanos se dará por meio da criação do Conselho de Direitos Humanos do Cone Sul, órgão composto com representantes de todos os Estados-membros e associados.