O início da cadeia de custódia dá-se com o ato de transferir o vestígio de um local para o outro, utilizando as condições adequadas.

Uma das etapas da cadeia de custódia, o armazenamento, consiste no procedimento por meio do qual cada vestígio coletado é embalado de forma individualizada, de acordo com suas características físicas, químicas e biológicas, para posterior análise, com anotação da data, hora e nome de quem realizou a coleta e o acondicionamento.

É proibida a entrada em locais isolados bem como a remoção de quaisquer vestígios de locais de crime antes da liberação por parte do perito responsável, sendo tipificada como fraude processual a sua realização.

O recipiente para acondicionamento do vestígio será determinado pela natureza do material e só poderá ser aberto pelo perito que vai proceder à análise, pela autoridade policial e, motivadamente, por pessoa autorizada.

Após a realização da perícia, o material deverá ser devolvido à central de custódia, devendo nela iniciar o procedimento de descarte.