Para efeitos do PRGAP compete às Companhias Docas, vinculadas à SEP, atuar junto aos portos outorgados que já possuem licença de operação, no sentido de buscar harmonização dos procedimentos e programas de mitigação e controle ambiental.

A participação no PRGAP será efetivada pelas autoridades responsáveis pelos portos e terminais portuários outorgados às Companhias Docas, vinculadas à SEP/PR, por meio da assinatura de termo de adesão perante a Secretaria de Portos da Presidência da República. 

A Secretaria de Portos da Presidência da República será a unidade executora do PRGAP, em consonância com suas atribuições de estabelecer e modernizar a política portuária.

Relativamente às Companhias Docas, vinculadas à SEP/PR, o Programa Federal de Apoio à Regularização e Gestão Ambiental Portuária - PRGAP, tem por objetivo promover e apoiar, de forma continuada, a regularização ambiental dos portos e terminais portuários, no intuito de compatibilizar a necessidade de sua operação e manutenção às normas ambientais vigentes.