Até que decorram dois anos da publicação oficial do novel ato normativo, continuam em vigor as disposições penais da Lei nº 8.666/1993 (artigos 89 a 108). 

Conforme o entendimento dominante no âmbito do Supremo Tribunal Federal e do Superior Tribunal de Justiça, consolidado à luz da legislação anterior, a prévia aprovação do ato por decisão do Tribunal de Contas descaracteriza o crime, impedindo o oferecimento de ação penal contra o agente responsável.

A progressão de regime de cumprimento da pena privativa de liberdade, em tais casos, deve observar o disposto no artigo 33, § 4º, do Código Penal [Art. 33 - (...) § 4º O condenado por crime contra a administração pública terá a progressão de regime do cumprimento da pena condicionada à reparação do dano que causou, ou à devolução do produto do ilícito praticado, com os acréscimos legais].

A pena de multa a eles aplicável deve ser calculada de acordo com a metodologia do Código Penal, não podendo, porém, ser superior a dois por cento do valor do contrato licitado ou celebrado com contratação direta.

Estão excluídos da incidência da lei os crimes envolvendo contratos celebrados por empresas públicas ou sociedades de economia mista, por se tratar de entes com natureza jurídica privada.