Assegura-se às universidades a autonomia didático-científica e administrativa, sendo a gestão financeira e patrimonial subordinada à Administração Direta à qual a instituição é vinculada. 

A autonomia universitária disciplinada na Constituição Federal é objeto do Estatuto da UFRGS, o qual prevê como faculdade da instituição, atinente à sua autonomia administrativa, a possibilidade de aceitar subvenções, doações, legados e cooperação financeira proveniente de convênios com entidades públicas e privadas, nacionais, estrangeiras e internacionais.

Integram a estrutura da UFRGS o Hospital Universitário, as Unidades Universitárias, que compreendem os Institutos Centrais e as Faculdades ou Escolas, com seus órgãos auxiliares, os Institutos Especializados, os Centros de Estudos Interdisciplinares e, ainda, os Órgãos da Administração Superior, consistentes no Conselho Universitário, no Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão, no Conselho de Curadores e na Reitoria.

É de competência do Conselho Universitário da UFRGS estabelecer normas gerais para o afastamento de docentes para fins acadêmicos.