O tratamento com inibidores de protease está associado ao desenvolvimento de resistência periférica à insulina, hipertrigliceridemia e aumento da deposição de gordura visceral.

A lipodistrofia associada ao HIV, caracterizada por acúmulo visceral e perda de gordura periférica, ocorre exclusivamente em pacientes com contagem de CD4 <200 células/mm³.

A disfunção adrenal é frequente, sendo o hipocortisolismo primário a manifestação mais comum, resultante da destruição direta do córtex adrenal pelo HIV.

O hipogonadismo masculino no HIV é raro e geralmente secundário à deficiência primária testicular, mesmo nos pacientes com doença avançada.

A densidade mineral óssea é geralmente preservada nos pacientes com HIV em tratamento eficaz, não havendo necessidade de rastreamento de osteoporose.