A transversalidade da educação especial implica que as ações e os serviços de educação especial devem estar presentes desde a educação infantil até o ensino superior, mas tal diretriz não se aplica à pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado), uma vez que estes níveis não são mencionados expressamente na legislação educacional brasileira como modalidades de ensino sujeitas à obrigatoriedade de inclusão.

As adaptações razoáveis e as tecnologias assistivas devem ser ofertadas de acordo com as necessidades individuais dos estudantes, mas a sua implementação no ensino superior está condicionada à disponibilidade orçamentária da universidade, podendo ser postergada ou mesmo suprimida em períodos de contenção de despesas, sem que isso configure violação ao direito à educação.

O apoio técnico e financeiro do poder público às instituições privadas sem fins lucrativos, especializadas e com atuação exclusiva em educação especial, autoriza a destinação de recursos públicos a essas entidades em substituição à oferta pública regular, desde que haja comprovada insuficiência de vagas na rede estadual ou municipal, nos termos da Lei de Diretrizes e Bases da Educação Nacional.

A oferta do Atendimento Educacional Especializado (AEE) deve ocorrer preferencialmente nas escolas comuns da rede regular dos sistemas de ensino, sendo o AEE atividade pedagógica de caráter complementar à escolarização das pessoas com deficiência e com transtorno do espectro autista e suplementar à escolarização das pessoas com altas habilidades ou superdotação.

A articulação intersetorial e a colaboração entre os entes federativos, embora formalmente reconhecidas, são diretrizes de aplicação restrita à educação básica, uma vez que o ensino superior público é regido pelo princípio da autonomia universitária, consagrado no art. 207 da Constituição Federal, o qual afasta a ingerência de outros entes e setores nas decisões pedagógicas e administrativas das instituições federais de ensino.