A Controladoria-Geral da União é um Ministério que integra a estrutura do Poder Executivo federal e tem competência para realizar o controle interno do patrimônio da União e a fiscalização dos recursos públicos federais. 

A Controladoria-Geral da União não possui competência para realizar auditoria e fiscalização dos recursos repassados pela União aos Municípios mediante convênio ou ajuste, pois tal competência é restrita aos Tribunais de Contas Estaduais. 

O Tribunal de Contas da União é um órgão que integra a estrutura do Poder Legislativo da União e tem como atribuição prestar auxílio ao Poder Executivo federal no exercício do controle interno do patrimônio da União e na fiscalização dos recursos públicos federais. 

O Tribunal de Contas da União e a Controladoria-Geral da União são órgãos que integram a estrutura do Poder Executivo da União, e têm como atribuição, devidamente definida em lei, auxiliar o Congresso Nacional no exercício do controle externo do patrimônio da União.