O Conselho de Saúde contará com uma secretaria-executiva coordenada por pessoa preparada para a função, para o suporte técnico, administrativo e jurídico, subordinada ao Presidente da República, que definirá sua estrutura e dimensão.

Qualquer alteração na organização dos Conselhos de Saúde preservará o que está garantido em lei e deve ser proposta pelo próprio Conselho e votada em reunião plenária, com quórum qualificado, para depois ser alterada em seu Regimento Interno e homologada pelo gestor da esfera correspondente.

A cada bimestre, deverá constar dos itens da pauta o pronunciamento do gestor, das respectivas esferas de governo, para que faça a prestação de contas, em relatório genérico, sobre andamento do plano de saúde, agenda da saúde pactuada, relatório de gestão, dados sobre o montante e a forma de aplicação dos recursos, as auditorias iniciadas e concluídas no período, bem como a produção e a oferta de serviços na rede assistencial própria, contratada ou conveniada, de acordo com o art. 12 da Lei n° 8.689/93 e com a Lei Complementar n° 141/2012.

Acompanha e controla a atuação do setor privado credenciado mediante licitação na área de saúde, no entanto é vedado ao conselho da saúde aprovar a proposta orçamentária anual da saúde, competência do Ministro da Saúde.

O conselho de Saúde não decidirá sobre o seu orçamento, pois não é dotado de autonomia.