A auditoria interna é a principal responsável pela implementação das políticas de controle da entidade, devendo elaborar e executar os procedimentos de verificação em todos os departamentos, substituindo a responsabilidade dos gestores de linha na supervisão de suas equipes.

O sistema de controle interno compreende o conjunto de regras, procedimentos e estruturas estabelecidos pela gestão para mitigar riscos e alcançar os objetivos da entidade, sendo uma responsabilidade de todos os níveis da organização. A auditoria interna, por sua vez, é uma função independente que avalia a eficácia desse sistema, fornecendo à alta administração uma avaliação objetiva sobre a governança e a gestão de riscos.

O controle interno e o controle externo, exercido pelos Tribunais de Contas, são atividades excludentes. Uma vez que a auditoria interna de um órgão aprova suas contas e procedimentos, o Tribunal de Contas fica dispensado de realizar sua própria fiscalização sobre o mesmo objeto. 

A principal finalidade da auditoria interna é a apuração de fraudes e a aplicação de sanções aos servidores responsáveis, atuando como uma instância correcional. Seus relatórios têm força de decisão administrativa e devem ser imediatamente executados.