O conflito de competência ocorre entre juízes ou juntas da circunscrição, bem como entre autoridades judiciárias e administrativas.

O julgamento originário de ação de impugnação de mandato eletivo de governador do Mato Grosso cabe ao TRE/MT, ao passo que, quando se tratar de ação referente a mandado eletivo de senador ou de deputado federal, o julgamento originário é atribuição do TSE.

O pedido de habeas data feito ao TRE/MT deve ser concedido quando for solicitado acesso a informações sobre candidatos que tiverem concorrido em processos eleitorais com registro nos bancos de dados desse tribunal.

Os membros do TRE/MT podem ser removidos para outro TRE em casos excepcionais, mediante decisão do TSE.

O presidente do TRE/MT deve representar o tribunal em solenidades, atos e eventos oficiais, e, se precisar se ausentar de sessão do tribunal para fazê-lo, ainda assim tem direito à gratificação de presença em sessão.