No início do Brasil Colônia (por volta de 1549/1550) chegaram missionários jesuítas e fundaram o colégio Companhia de Jesus. 

A primeira Lei de Diretrizes e Bases de 1961(LDB 4024/61) propõe em seu artigo 97: O ensino religioso constitui disciplina dos horários das escolas oficiais, é de matrícula obrigatória, e será ministrado sem ônus para os poderes públicos, de acordo com a confissão religiosa do aluno, manifestada por ele, se for capaz, ou pelo seu representante legal ou responsável. § 1º A formação de classe para o ensino religioso independe de número mínimo de alunos. § 2º O registro dos professores de ensino religioso será realizado perante a autoridade religiosa respectiva. 

No Brasil República, a Constituição de 1891, define a separação entre o Estado e quaisquer religiões ou cultos e estabelece que será leigo o ensino ministrado nos estabelecimentos públicos.

Em 1824, primeira Constituição do país, estabelece que a religião Católica Apostólica Romana continuará a ser a Religião do Império.